Многие законы защищают юридическое лицо, но если возникнут серьезные трудности,   они не помогут ему спастись. Все те же законы, а именно статья 21.1 федерального закона о государственной регистрации юридических лиц и индивидуальных предпринимателей предусматривают принятие налоговым органом решения, которое может привести к исключению юр. лица из ЕГРЮЛ, и как следствие, к принудительной ликвидации организации.

Такому суровому решению налоговых органов способствуют два основных фактора. Один из них – регулярные нарушения Российского законодательства в деятельности ликвидируемой компании. Второй основной фактор заключается в недостаточности имущества и невозможности удовлетворения требований всех кредиторов.
Из этих двух факторов вытекают несколько основных моментов, рано или поздно приводящих к принудительной ликвидации компании. Здесь речь идет о неустранимых нарушениях закона, совершенных при создании юридического лица;  деятельности компании, не подкрепленной специальным разрешением или лицензией, если функционирование организации без выполнения этого условия незаконно;  любом виде противозаконной деятельности, либо работе компании с систематическими нарушениями закона или каких-то правовых актов. Кроме того, принудительная ликвидация применяется  в отношении общественной или религиозной организации, деятельность которой не соответствует уставным целям. Также, не последнюю роль играет и финансовая составляющая. Налоговой организации проще инициировать процедуру принудительной ликвидации организации, влачащей жалкое состояние, постоянно находящейся в предбанкротном состоянии или состоянии  банкротства, нежели бороться с ее руководителями, пытаясь получить  налоги  и другие обязательные отчисления.
Заявление о подобной ликвидации  подается  в суд лицом, которое представляет контролирующий орган. Если выявлены   грубые нарушения законодательства о рынке ценных бумаг, в суд обращается  ФКЦБ. При  происходящих каких-либо нарушениях в конкурентной области, заявление на принудительную ликвидацию организации подается антимонопольной службой.
Однако, в основном, именно налоговым  органом  инициируется  процедура, ссылаясь на  непредставление обязательной налоговой отчетности, либо сведений, необходимых для осуществления регулярных проверок предприятия. К примеру,  несоответствие юридического адреса фактическому местонахождению головного офиса компании, делает невозможной работу налоговой инспекции.
Разумеется, судом не может сразу же принято решение о принудительной ликвидации. Каждой организации дается какой-то время для исправления  всех недочетов. Нередко, юридические лица, узнав о своей возможной ликвидации, начинают работать намного лучше: устраняют все огрехи в работе, приводят документацию в полное соответствие с законом. К тому же, если последствия от не совсем правомерной деятельности не значительны, суд не станет  выносить решение о принудительной ликвидации. Между тем, бывает и обратная ситуация. Несмотря на инициацию процедуры принудительной ликвидации организации, юридическое лицо  не перестает действовать не в полном соответствии с законом, и итог для учредителей компании весьма печальный. Дело доходит до арбитражного суда, который выносит решение о ликвидации юр. лица. Затем,  свидетельство по форме Р50003 и выписка из ЕГРЮЛ отправляются по адресу местонахождения организации.